[us-commits] [ehb54/ultrascan3] b94cd0: Re-up somo integration - removed develop, edit som...

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Thu Dec 12 01:04:30 MST 2019


  Branch: refs/heads/somo-integrate
  Home:   https://github.com/ehb54/ultrascan3
  Commit: b94cd0680fbba0bef0413bf4a86724c13745c357
      https://github.com/ehb54/ultrascan3/commit/b94cd0680fbba0bef0413bf4a86724c13745c357
  Author: = <kip.jay at phynix.io>
  Date:   2019-12-12 (Thu, 12 Dec 2019)

  Changed paths:
    M makeall.sh
    A somo/3dplot/D_calc.cpp
    A somo/3dplot/D_calc.h
    A somo/3dplot/README
    A somo/3dplot/colormapreader.cpp
    A somo/3dplot/colormapreader.h
    A somo/3dplot/femreader.h
    A somo/3dplot/functions.h
    A somo/3dplot/lightingdlg.cpp
    A somo/3dplot/lightingdlg.h
    A somo/3dplot/lightingdlgbase.cpp
    A somo/3dplot/lightingdlgbase.h
    A somo/3dplot/lightingdlgbase.ui
    A somo/3dplot/mesh.cpp
    A somo/3dplot/mesh2mainwindow.cpp
    A somo/3dplot/mesh2mainwindow.h
    A somo/3dplot/mesh2mainwindowbase.cpp
    A somo/3dplot/mesh2mainwindowbase.h
    A somo/3dplot/mesh2mainwindowbase.ui
    A somo/3dplot/notes
    A somo/COPYING
    A somo/LICENSE
    A somo/LICENSE.txt
    A somo/add_to_bin/iftci_linux64
    A somo/add_to_bin/iftci_osx10.8
    A somo/add_to_bin/iftci_win64.exe
    R somo/arc/generic.pri
    R somo/arc/libus_somo.pro
    R somo/arc/make-somodoc.sh
    R somo/arc/revision.sh
    R somo/arc/somo-qwt5.tgz
    A somo/attic/INSTALL
    A somo/attic/docs/calc.c
    A somo/attic/docs/models.doc
    A somo/attic/docs/step.table
    A somo/attic/make_tardistro.sh
    R somo/checkqs.pl
    A somo/cmdline.pri
    A somo/debug.sh
    R somo/demo/1AO6-compl_monA.pdb
    R somo/demo/1E8L.pdb
    R somo/demo/1HEL.pdb
    R somo/demo/1HEL00.int
    R somo/demo/1HEL_foxs_saxs.dat
    R somo/demo/3CRO.pdb
    R somo/demo/3GUT.pdb
    R somo/demo/6LDH1.pdb
    R somo/demo/6LYZ.pdb
    R somo/demo/8RAT.pdb
    R somo/demo/8RATNC.pdb
    R somo/demo/8RAT_missing_atoms.pdb
    R somo/demo/lyzexp.dat
    R somo/demo/lyzexp.out
    A somo/doc/Doxyfile
    A somo/doc/README
    A somo/doc/colors.pl
    A somo/doc/hplctree.txt
    A somo/doc/hydrotree.txt
    A somo/doc/sastree.txt
    A somo/doc/somotree.txt
    A somo/doc/tree.pl
    A somo/etc/best.radii
    A somo/etc/black-blue.map
    A somo/etc/black-green.map
    A somo/etc/black-red.map
    A somo/etc/black-yellow.map
    A somo/etc/blue-black.map
    A somo/etc/cluster.config
    A somo/etc/color-bw.map
    A somo/etc/color-white-blue.map
    A somo/etc/color.map
    A somo/etc/cyan-purple-red-black.map
    A somo/etc/dmd/DMD-MOL-MEDUSA.param
    A somo/etc/dmd/DMD-MOL-allatom.par
    A somo/etc/dmd/DMD_NA_MEDUSA.param
    A somo/etc/dmd/DMD_NA_allatom.par
    A somo/etc/dmd/PRO_RNA_MOL.DMDParam
    A somo/etc/dmd/allatom.par
    A somo/etc/dmd/bbdep02.May.PHI-PSI-AA-DIST
    A somo/etc/dmd/bbdep02.May.lib
    A somo/etc/dmd/bbind02.May.lib
    A somo/etc/dmd/cedutop.pro
    A somo/etc/dmd/medupar.charge
    A somo/etc/dmd/medupar.nonb
    A somo/etc/dmd/medupar_molecule.nonb
    A somo/etc/dmd/medutop.pro
    A somo/etc/flash-combined-no-text.png
    A somo/etc/green-black.map
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    A somo/etc/mw.json
    A somo/etc/rainbow-white.map
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    A somo/etc/somo.defaults.new
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    A somo/etc/somo3_config_128x128.ico
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    A somo/etc/somo3_icon_1024x1024.png
    A somo/etc/somo3_icon_128x128.ico
    A somo/etc/somo3_icon_128x128.png
    A somo/etc/somo3_icon_16x16.ico
    A somo/etc/somo3_icon_16x16.png
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    A somo/etc/somo3_icon_256x256.png
    A somo/etc/somo3_icon_32x32.ico
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    A somo/etc/ultra.xpm
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    A somo/extra/doc/README
    A somo/extra/doc/colors.pl
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    A somo/extra/doc/gethref.pl
    A somo/extra/doc/hplctree.txt
    A somo/extra/doc/hydrotree.txt
    A somo/extra/doc/sastree.txt
    A somo/extra/doc/somotree.txt
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    A somo/extra/genapp/genapp.pl
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    A somo/extra/genapp/source/attic/saxs_hplc_dctr
    A somo/extra/genapp/source/attic/saxs_hplc_p3d
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    A somo/extra/genapp/source/bfnb_nsa_cluster
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    A somo/extra/genapp/source/dammin
    A somo/extra/genapp/source/dammin_cluster
    A somo/extra/genapp/source/dammin_query_response
    A somo/extra/genapp/source/dammin_saxs_util
    A somo/extra/genapp/source/oned_cluster
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    A somo/extra/genapp/templates/dialog.h
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    A somo/extra/genapp/templates/frame.h
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    A somo/extra/haddock/bin_i73/doublemods.pl
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    A somo/extra/haddock/bin_i73/hmkzip.pl
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    A somo/extra/haddock/bin_i73/mkc2run.job
    A somo/extra/haddock/bin_i73/mkc2run.pl
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    A somo/extra/haddock/bin_i73/mpi/clustermpi.pl
    A somo/extra/haddock/bin_i73/mpi/myrmsd.pl
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    A somo/extra/haddock/bin_i73/mpi/runjob
    A somo/extra/haddock/bin_i73/notes
    A somo/extra/haddock/bin_i73/pdbxyz.pl
    A somo/extra/haddock/bin_i73/splitchains.pl
    A somo/extra/haddock/bin_i73/stripto1.pl
    A somo/extra/haddock/notes
    A somo/extra/haddock/stampede/mkhjob.pl
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    A somo/extra/haddock/stampede/runonnode.pl
    A somo/extra/haddock/stampede/usenode.pl
    A somo/extra/osx/apprun
    A somo/extra/osx/termrun
    A somo/extra/pdfmanual/README
    A somo/extra/pdfmanual/pdfmanual.pl
    A somo/extra/pdfmanual/somo_hplc.txt
    A somo/extra/perl/rcoaltobm.pl
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    R us_somo/develop/include/us_hydrodyn_pdbdefs.h
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    R us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_hplc_conc_load.h
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    R us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_hplc_scale_trend.h
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    R us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_load_csv.h
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    R us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_search.h
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    R us_somo/develop/include/us_zeno_cxx_nf.h
    R us_somo/develop/include/white.xpm
    R us_somo/develop/include/yellow.xpm
    R us_somo/develop/libus_somo.pro
    R us_somo/develop/local.pri.template
    R us_somo/develop/local.pri.template.linux
    R us_somo/develop/local.pri.template.osx
    R us_somo/develop/local.pri.template.win32mingw
    R us_somo/develop/make-somodoc.sh
    R us_somo/develop/mkpropri.pl
    R us_somo/develop/pm_worker/make_mic
    R us_somo/develop/pm_worker/make_mpi
    R us_somo/develop/pm_worker/manifest
    R us_somo/develop/pm_worker/pm_worker.cpp
    R us_somo/develop/pm_worker/pm_worker.h
    R us_somo/develop/pm_worker/pm_worker_fitness.cpp
    R us_somo/develop/pm_worker/pm_worker_main.cpp
    R us_somo/develop/pm_worker/pm_worker_objects.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/1hel.dat
    R us_somo/develop/shd_mpi/1hel_f.dat
    R us_somo/develop/shd_mpi/bigtest.dat
    R us_somo/develop/shd_mpi/bigtest.pdb
    R us_somo/develop/shd_mpi/bigtest_f.dat
    R us_somo/develop/shd_mpi/crysol32
    R us_somo/develop/shd_mpi/crysol64
    R us_somo/develop/shd_mpi/main.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/make_mic
    R us_somo/develop/shd_mpi/make_mpi
    R us_somo/develop/shd_mpi/make_shs
    R us_somo/develop/shd_mpi/make_xhost
    R us_somo/develop/shd_mpi/pentamer.dat
    R us_somo/develop/shd_mpi/pentamer.pdb
    R us_somo/develop/shd_mpi/pentamer_f.dat
    R us_somo/develop/shd_mpi/saxs_util_make_erf.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shd.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shd.h
    R us_somo/develop/shd_mpi/shd_compute.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shd_global.h
    R us_somo/develop/shd_mpi/shd_sh.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shd_sh.h
    R us_somo/develop/shd_mpi/shs.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shs.h
    R us_somo/develop/shd_mpi/shs_data.h
    R us_somo/develop/shd_mpi/shs_main.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shs_use.cpp
    R us_somo/develop/shd_mpi/shs_use.h
    R us_somo/develop/shd_mpi/test/mpitest.c
    R us_somo/develop/shd_mpi/test/mpitest2.c
    R us_somo/develop/shd_mpi/test/notes
    R us_somo/develop/src/qwt/scrollbar.cpp
    R us_somo/develop/src/qwt/scrollbar.h
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    R us_somo/develop/src/qwt/scrollzoomer.h
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    R us_somo/develop/src/us3i_editor_gui.cpp
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