[us-commits] [ehb54/ultrascan3] 0f9206: Keep macOS installer changes isolated

aaron-auc noreply at github.com
Wed Sep 2 10:05:21 MDT 2026 

  Branch: refs/heads/main
  Home:   https://github.com/ehb54/ultrascan3
  Commit: 0f92064f2d57a4d94725d66691ccad6136ff338f
      https://github.com/ehb54/ultrascan3/commit/0f92064f2d57a4d94725d66691ccad6136ff338f
  Author: aaron-auc <aaron at aucsolutions.com>
  Date:   2026-08-15 (Sat, 15 Aug 2026)

  Changed paths:
    M admin/cmake/packaging/macos/MacDeploy.cmake
    M admin/cmake/packaging/macos/MacHpcDeploy.cmake
    M doc/manual/source/start_page-new.rst
    M pkg/macos/README.md
    M pkg/macos/preinstall
    M programs/CMakeLists.txt

  Log Message:
  -----------
  Keep macOS installer changes isolated


  Commit: 9aa0949130b92f547f2c57fa30ad88440de41896
      https://github.com/ehb54/ultrascan3/commit/9aa0949130b92f547f2c57fa30ad88440de41896
  Author: emre brookes <ehb54 at users.noreply.github.com>
  Date:   2026-08-19 (Wed, 19 Aug 2026)

  Changed paths:
    A .github/workflows/somo-module-tests.yml
    M .gitignore
    M us_somo/add_to_bin/GRPY_linux64
    M us_somo/add_to_bin/GRPY_osx10.11
    M us_somo/add_to_bin/GRPY_win64.exe
    A us_somo/develop/grpy/README.md
    A us_somo/develop/grpy/grpy_exposure.hpp
    A us_somo/develop/grpy/grpy_process.hpp
    A us_somo/develop/grpy/grpy_shell.hpp
    A us_somo/develop/grpy/grpy_types.hpp
    A us_somo/develop/grpy/tests/data/1znf.bead_model
    A us_somo/develop/grpy/tests/data/1znf_golden.txt
    A us_somo/develop/grpy/tests/data/dumbbell.grpy
    A us_somo/develop/grpy/tests/data/dumbbell_golden.txt
    A us_somo/develop/grpy/tests/run.sh
    A us_somo/develop/grpy/tests/test_process.cpp
    A us_somo/develop/grpy/tests/test_shell.cpp
    R us_somo/develop/include/us_container_grpy.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_dad.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_dad_fit.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_dad_options.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_grid_volume.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_hydration.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_hydro.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_mals_fit.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_mals_options.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_mals_saxs_fit.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_mals_saxs_options.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_misc.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_pdb_parsing.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive_dialog.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive_elements.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive_hybrid.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive_saxs.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive_somo.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_psv.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_residue_builder.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_save.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_hplc.h
    A us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_iqq_extrap_c0_conc.h
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_saxs_iqq_load_csv.h
    M us_somo/develop/include/us_saxs_util.h
    M us_somo/develop/include/us_vector.h
    M us_somo/develop/libus_somo.pro
    A us_somo/develop/perceiver/.gitignore
    A us_somo/develop/perceiver/DECISIONS.md
    A us_somo/develop/perceiver/GUI_TESTING.md
    A us_somo/develop/perceiver/Makefile
    A us_somo/develop/perceiver/README.md
    A us_somo/develop/perceiver/data/1ADO_noSO4.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/1AO6-compl_monA.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/1HEL.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/2AAS_mod1.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/3CRO.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/3GUT.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/6LDH1.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/6LYZ.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/8RAT.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/non-coded/1MBO.pdb
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    A us_somo/develop/perceiver/data/non-coded/8RATNC.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/non-coded/8RAT_gap3.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/non-coded/8RAT_run3.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/non-coded/README.md
    A us_somo/develop/perceiver/data/psv/1BEB.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/psv/2CGA.pdb
    A us_somo/develop/perceiver/data/psv/README.md
    A us_somo/develop/perceiver/data/psv/candidates.fasta
    A us_somo/develop/perceiver/data/psv_measured.txt
    A us_somo/develop/perceiver/data/ref/cctbx_LICENSE.txt
    A us_somo/develop/perceiver/data/ref/f0_WaasKirf.dat
    A us_somo/develop/perceiver/data/ref/it1992.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/data/ref/somo.saxs_atoms.generated
    A us_somo/develop/perceiver/examples/perceive.somo
    A us_somo/develop/perceiver/pdb_lite.h
    A us_somo/develop/perceiver/residue_oracle.h
    A us_somo/develop/perceiver/run_dialog_test.sh
    A us_somo/develop/perceiver/tests/builder.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/coverage.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/dialog_qt.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/emit_residue.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/grid_volume.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/hydration.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/protein_psv.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/psv.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/regression.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/sssr.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/sssr_real.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tests/tests_unit.cpp
    A us_somo/develop/perceiver/tinytest.h
    A us_somo/develop/perceiver/tools/calibrate_3v_context.py
    A us_somo/develop/perceiver/tools/gen_saxs_entries.py
    A us_somo/develop/perceiver/tools/hydration_table.py
    A us_somo/develop/perceiver/tools/make_noncoded_variant.py
    A us_somo/develop/perceiver/tools/psv_durchschlag.py
    A us_somo/develop/perceiver/tools/psv_model.py
    A us_somo/develop/perceiver/tools/recalc_ligand_volumes.py
    R us_somo/develop/src/us_container_grpy.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_beads.cpp
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    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_conc.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_conc_load.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_fit.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_makeiq.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_modes.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_options.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_script.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_dad_util.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_fractal_dimension.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_grid_volume.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_grpy.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_hydration.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_hydro.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_load.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_conc.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_conc_load.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_fit.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_makeiq.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_modes.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_options.cpp
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    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_saxs_conc.cpp
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    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_saxs_fit.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_saxs_makeiq.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_saxs_modes.cpp
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    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_saxs_util.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_mals_util.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_misc.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_other.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_pdb_parsing.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_pdb_tool.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_perceive.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_perceive_dialog.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_perceive_somo.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_psv.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_residue_builder.cpp
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    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_hplc_conc_load.cpp
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    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_hplc_modes.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_hplc_options.cpp
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    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_iqq_extrap_c0.cpp
    A us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_iqq_extrap_c0_conc.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_iqq_load_csv.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_saxs_loads.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_script.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_settings.cpp
    M us_somo/develop/src/us_hydrodyn_write.cpp
    M us_somo/develop/src/us_saxs_util_best.cpp
    M us_somo/develop/src/us_saxs_util_dmd.cpp
    M us_somo/develop/src/us_saxs_util_hydro.cpp
    M us_somo/develop/src/us_saxs_util_loads.cpp
    M us_somo/develop/src/us_saxs_util_static.cpp
    M us_somo/develop/src/us_vector.cpp
    M us_somo/develop/version.sh
    M us_somo/etc/somo.atom.new
    M us_somo/etc/somo.config.new
    M us_somo/etc/somo.defaults.new
    M us_somo/etc/somo.hybrid.new
    M us_somo/etc/somo.residue.new
    M us_somo/etc/somo.saxs_atoms.new
    A us_somo/somo/doc/manual/somo/DAWN_head.png
    A us_somo/somo/doc/manual/somo/MALS_angles.png
    A us_somo/somo/doc/manual/somo/WyattRayleigh ratios csv.png
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/mals_parameters.html
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/mals_saxs_options.html
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/saxs_hplc_ciq.html
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/saxs_hplc_options.html
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_EMG_option.png
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_GaussFit1.png
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_GaussFit2.png
    A us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_options_Min_Gauss.png
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_options_new.png
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    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_options_new_baseline.png
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    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_skewedGaussian11b.png
    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo-HPLC-SAXS_skewedGaussian11c.png
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    M us_somo/somo/doc/manual/somo/somo.html
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    A us_somo/somo/doc/manual/somo_mals.html

  Log Message:
  -----------
  Merge branch 'main' into 875-request-cmake-remove-gmp-module-from-installer-for-osx


  Commit: 0528228ee80ceba80429b97a74c2bcc2a42e8ce3
      https://github.com/ehb54/ultrascan3/commit/0528228ee80ceba80429b97a74c2bcc2a42e8ce3
  Author: aaron-auc <95181880+aaron-auc at users.noreply.github.com>
  Date:   2026-09-02 (Wed, 02 Sep 2026)

  Changed paths:
    M VERSION
    M doc/manual/source/conf.py
    M gui.pri
    M gui/us_plot.cpp
    M gui/us_plot.h
    M gui/us_solution_gui.cpp
    M gui/us_theme.cpp
    M gui/us_theme.h
    M gui/us_widgets.cpp
    M gui/us_widgets_dialog.cpp
    M programs/us_config/us_color.cpp
    M programs/us_experiment/us_experiment_gui_optima.cpp
    M us_somo/develop/include/us_hydrodyn_perceive_dialog.h
    M utils/us_defines.h

  Log Message:
  -----------
  Merge branch 'main' into 875-request-cmake-remove-gmp-module-from-installer-for-osx


  Commit: 6ccb5e00af0f0ae7f1ed8414c4e2f5719d5e7fad
      https://github.com/ehb54/ultrascan3/commit/6ccb5e00af0f0ae7f1ed8414c4e2f5719d5e7fad
  Author: aaron-auc <95181880+aaron-auc at users.noreply.github.com>
  Date:   2026-09-02 (Wed, 02 Sep 2026)

  Changed paths:
    M admin/cmake/packaging/macos/MacDeploy.cmake
    M admin/cmake/packaging/macos/MacHpcDeploy.cmake
    M doc/manual/source/start_page-new.rst
    M pkg/macos/README.md
    M pkg/macos/preinstall
    M programs/CMakeLists.txt

  Log Message:
  -----------
  Merge pull request #473 from ehb54/875-request-cmake-remove-gmp-module-from-installer-for-osx

Exclude GMP tools from macOS installer build


Compare: https://github.com/ehb54/ultrascan3/compare/5d67a0aa5e8d...6ccb5e00af0f

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